SKIF-MPI - реализация MPI на кластере «МВС–Экспресс».
Руководство пользователя.
Климов Ю. А., Лацис А. О.
Введение.
Для использования MPI следует включить в путь (в файле ~/.profile) директорию /common/skif-mpi/bin после /common/runmvs/bin.
Трансляция программы.
Программа пользователя транслируется командой mpicc, например:
mpicc -o myprog myprog.c
Программа на C должна иметь тип исходного файла «.c», и включать файл заголовков «mpi.h».
Если программа написана с использованием OpenMP, то соответствующий аргумент следует добавить к команде трансляции, например:
mpicc –o myprog -openmp myprog.c
Запуск программы.
Программа пользователя запускается командой mpirun с ключом -ppn X, где X – число процессов, запускаемых на одном узле вычислителя. Допустимые значения X – от 1 до 7 (число доступных программе пользователя процессоров на узле). Процессы раскладываются по узлам по X штук в порядке номеров. Например, при использовании команды mpirun -ppn 3 на первом из выделенных программе узлов будут размещены процессы 0, 1 и 2, на втором – 3, 4 и 5, и т. д. Аргументы этой команды – как у mpirun, например:
mpirun -ppn 7 -np 24 -maxtime 5 myprog- запуск программы myprog на 5 минут на 24 процессорах. При этом на первых 3-х узлах будет задействован 3*7=21 процессор, а на 4-м узле - оставшиеся 3 процессора.
В состав узла входит, помимо семи процессоров, лишь один ускоритель CUDA. Если предполагается, что каждый процесс программы использует CUDA независимо от других, то такую программу можно запускать только в режиме «один процесс на узел» (mpirun -ppn 1).
В этом же режиме следует запускать программы, написанные с использованием OpenMP. При этом следует явно указывать число процессов на узле равным (none), например:
#pragma omp parallel for schedule(static) num_threads(7)
Прочие действия пользователя по управлению прохождением программ.
На МВС-экспресс устанавливается та же система управления прохождением задач, что используется для кластерных версий МВС-1000. Различия описаны выше в настоящем документе. Все остальные сведения можно почерпнуть, например, из: www.kiam.ru/MVS/documents, «Руководство пользователя системы МВС-1000», вариант для кластера «МВС-Экспресс».